Yoshida様、返答ありがとうございます。

Moodle3.6.2では「ゴミ箱ファイルを削除する filescleanupperiod」の項目は
ありませんが、今朝確認したところ、削除されていました。

「次より古い一時データファイルを削除する」を24時間にしていますので
それで消えたのかなと思いましたが、この設定はtempフォルダの方になります。

取り急ぎ、trashdirの中が削除されていた事をお伝えさせていただきます。

以上、宜しくお願い致します。