Hola,
Una solución simple sería agregar a todos los exámenes una pregunta tipo ensayo con valor de 0 puntos que diga algo así como "Si crees que el presente examen tiene algun error que merece corregirse, por favor escribe (la oración que inicia) la pregunta y describe lo que consideras que está mal en la pregunta".
Si tienes una versión reciente de Moodle, los alumnos pueden señalizar con una banderita roja las preguntas que ellos crean que tienen problemas,
Obviamente, solo funcionaría si las preguntas tiene una redacción diferente en la primera oración.
Si se les permite a los estudiantes revisar sus exámenes ya calificados y ver cual era la respuesta correcta marcada en el examen, los alumnos pueden tomar impresiones de pantalla (o fotografías con teléfono celular) de las preguntas problemáticas y reportarlo por mensajería o en chat a sus profesores.
Una solución más elegante sería instalar y emplear emplear el plugin adicional de comportamiento de pregunta de Retroalimentación diferida.
Las preguntas que te preocupan ¿son de exámenes formativos (para reforzar el conocimiento) o sumativos (para calificar de aprobado/reprobado) un curso ? ¿de qué nivel (primaria, secundaria, bachillerato, universidad, curso laboral, etc?