当方の環境でのみ発生した問題かも知れません.
手探りでMoodle1.7→1.8→1.9とバージョンアップを続けてきた過程に何かミスがあったのかも知れません.
MySQLのサーバは5.1,WindowsXP上で動作しています.
Moodle1.9からMoodle2.0にアップグレードする手順のうち,サイトファイル,ブログのファイルなどのMigrationが終わった後に行われるデータベースの更新(詳細は忘れてしまいました)で,utf8_general_ciとutf8_unicode_ciのテーブル同士の比較が行われている,というMySQLからのエラーにより処理が中断してしまいました.調べてみると,データベースのデフォルトの照合順序はutf8_unicode_ciに設定されていますが,実際のテーブルのほとんどがutf8_genral_ciで設定されています.これは初期にutf8_general_ciで作成したデータベース上にMoodleをインストールしてしまい,後からDEFAULT CHARACTER SETのCOLLATIONをutf8_unicode_ciに変更したということかも知れません(記憶は無い).
ともかくMoodle2.0から新しく追加されたと思われる,mdl_enrolというテーブル(こちらはutf8_unicode_ciで設定されている)と照合できないため作業が進みませんので,思い切ってデータベース中の全テーブルの照合順序をutf8_general_ciからutf8_unicode_ciに変更しました.勿論,作業を行ったのは現在運用中のデータベースのコピーです.調べてみると色々と情報はあるのですが,手作業で一つ一つのテーブルを書き換える方法がほとんどです.例外はこちらのNetCommons関連の資料で,今回はこちらを参考にさせて頂きました.
私の場合はコマンドラインで作業を行う手順を取りました.実は何度も失敗しました.それは文書中の6.3節の1,SELECT文をテキストファイルに作成する際に `(Shift + @)と'(Shift + 7)を間違えていたためです.文書中にも注意事項として書いてあるにも関わらず.
とりあえずどうやらこれでデータベースの全テーブルの照合順序がutf8_unicode_ciに変わったようで,アップグレードの手順はその先に進み始めました(現在進行中).
一応,私の環境で正常に動作したselect.sqlファイルを貼付します.moodle20をお手元のデータベースの名称に変更して下さい.