mysql_installservice.bat
を使用してサービス登録を行なっているならば，
copy "%cd%\bin\my.cnf" /-y %windir%\my.ini
で，C:\WINDOWS（あるいはC:\WINNT)にbin\my.cnfがコピーされているようです．
私の環境ではこのバッチを実行しなかったのでしょうか(xampp-control.exeを使ってしまった気がします），システムフォルダ内にmy.cnfがありませんでした．
同じバッチ内で，
bin\mysqld-nt --install mysql --defaults-file="%cd%\bin\my.cnf"
とデフォルト設定をbin\my.cnfとしているので，結局は，bin\my.cnfの設定を使用するようなサービス登録を行なっているようなので，システムフォルダのmy.cfgとの優先順位の問題が余計にややこしくなるだけのようです．
とりあえず，bin\my.cnfが書き換えるとMySQLの設定が変更されているようですので，こちらで設定変更可能なようです．ただ，どれくらいの値を設定すれば良いのかは不明ですが，phpMyAdminの"ランタイム情報"で表示されるメッセージ等を参考にして，警告の出ている箇所が無くなるように調整を試みて見ます．