Si el cron no está activo no se crearán las copias de manera automática. En ese caso puedes forzar la ejecución del cron manualmente.
En las últimas versiones de Moodle ya no se puede ejecutar el cron via web (desde dentro de Moodle) por motivos de seguridad. No obstante, en caso de necesidad, lo puedes activar en: Administración del sitio / Seguridad / Políticas del sitio y ahí desactivar la opción "Ejecución de cron sólo mediante comandos" y establecer la contraseña.
Es una solución manual pero al menos podrás crear todas las copias de seguridad de una sola vez sin tener que entrar en cada curso. O, al menos, te puede servir para identificar la causa del problema.