> 1.バックアップデータをしようして変更・削除ができる機能はありますでしょうか？
現在のところ、バックアップデータを使用した変更・削除機能は存在しないようです。
> 2.コースIDをしていてコースを削除するCLIはありますでしょうか？
標準的なMoodleには実装されていませんが、以下のコース削除CLI用の非標準プログラムをお試しになってはいかがでしょうか。
[daparker26/moodle-cli-delete-courses: A Moodle CLI script to delete courses based on course id, category id, or user id.]
https://github.com/daparker26/moodle-cli-delete-courses
# php /var/www/html/moodle/admin/cli/delete_courses.php -id
Enter the course id
: 8
Delete "TestDrive001 (TD001)"? (Y/N)
: N
> 3.今のリストアはカテゴリーIDを指定しコースIDは自動カウントアップですが、コースIDを指定してそのIDで追加する方法はありますでしょうか？
現在のところ、コースIDを指定したリストア機能は存在しないようです。