Hola, Mauricio.
Con la opción de "Subir usuarios" mediante un archivo CSV puedes hacer lo que necesitas.
Revisa esta documentación: https://docs.moodle.org/all/es/38/Subir_usuarios
Sin modificar datos generales como contraseñas, solo habría que listar los usuarios y añadir los campos necesarios para que queden matriculados en los cursos correspondientes con sus respectivos roles.
Saludos.
JP