Já neměl v minulosti s dostupnými Bootstrap Presets moc dobré zkušenosti.
Co mi ale pro drobné úpravy fungovalo dobře, bylo vložení potřebných stylopisů do polí "Raw initial SCSS" a "Raw SCSS" na stránce Správa stránek > Vzhled > Motivy >Boost, karta pokročilá nastavení.
Zde můžete jednak upravit parametry SCSS (např. barvy, velikosti písma apod.) a/nebo přidávat další CSS dle potřeby.
Např. pro změnu primární barvy z výchozí modré na okrovou stačí v prvním poli předefinovat proměnou:
$primary: #DAA520;
Pro další parametry, které lze takto upravovat, vizte např. soubor theme/boost/scss/preset/default.scss