Hola, Almudena.
¿Qué versión de Moodle tenías antes de actualizar a la 3.5.3?
¿Qué versión del tema Academi tienes actualmente instalada?
Las actualizaciones de Temas y otros plugins opcionales no afectan a los cursos, usuarios, etc. Siempre y cuando todos sean compatibles con la versión de Moodle que haya instalada.
Puedes ir a "Administración del sitio > Extensiones > Vista general de extensiones" y ahí pulsar el botón "Compruebe actualizaciones disponibles" para conocer si puedes hacer alguna actualización o no.
Saludos.