Hola Caballero,
Cuando uno actualiza, generalmente se conserva el directorio con la versión previa, para efectos de regresar a ésta si el proceso falla.
Obviamente utilizar nuevamente la versión previa supone que se respaldaron la base y la carpeta de datos, y que se borrarán los elementos actualizados, a fin de colocar en el servidor los antiguos.
Una vez que todo funciona correctamente, no hay mayor problema en borrar las carpetas de las versiones anteriores de la plataforma.
Entonces, yo lo haría sin preocuparme de efectos no deseados.
Lo que sí, hay que tener cuidado de borrar exactamente las carpetas de las versiones previas y no confundirnos con la de producción.
La mejor manera -que yo he encontrado- de borrar en un hosting compartido, es cambiar los permisos de las carpetas y archivos, de forma recurrente a 705.
Nótese que acostumbro colocar permisos de 505 a las carpetas y de 404 a los archivos. Por ello, no es posible borrarlos y hay que hacer el cambio de permisos.
Sin embargo, si los permisos son, digamos de 755 y 644, creo que no debe haber problemas en eliminarlos sin cambiar los permisos.
Bien, luego del cambio que hago, borro todo desde el pánel de control.
Si el pánel de control acepta el cambio de permisos de forma recurrente, entonces todo lo hago por este medio.
Si no requerí cambiar los permisos, entonces todo lo borro directamente dese el pánel de control.
Saludos
