Hola Mixo,
Entiendo que tienes un hosting y en su panel te ofrecen Moodle para poderse instalar.
Normalmente los proveedores de hosting facilitan un instalador de Moodle y otras aplicaciones para facilitar a sus usuarios la instalación de éstas en el hosting que han contratado.
Moodle no recomienda este tipo de instalaciones. Lo que recomienda es la instalación del paquete oficial que puedes encontrar aquí: https://download.moodle.org/
No ves las carpetas porque Moodle aún no ha sido instalado. Moodle lo puedes instalar en tu PC (para pruebas) o en un servicio hosting o servidor VPS o dedicado (normalmente para producción).
Aquí tienes una guía oficial de instalación: https://docs.moodle.org/all/es/Instalación_de_Moodle
Por otro lado el archivo php al que te refieres, probablemente sea uno llamado 'config.php' que, se genera al instalar Moodle, cuando el instalador te pregunta por las rutas a las carpetas del sistema, la base de datos y la URL del sitio web en el que se instalará. Posteriormente, en situaciones específicas, será necesario editarlo manualmente. Por ejemplo al trasladar Moodle a otro servidor u otro dominio, etc.
Saludos
JP