Середній бал - це стандартна формула і, щоб її обчислити, average не потрібен. Чи враховуєте ви, що середній і середньозважений бал розраховуються так. Спочатку всі оцінки (з врахуванням порожніх чи без) нормалізуються, тобто виражаються у відсотках до свого максимуму. Після цього обчислюється середнє у відсотках. Потім результат у відсотках переводиться знову в бали за вказаною вами шкалою. Нормалізація оцінок дозволяє для кожної з них обирати будь-яку зручну для викладача шкалу.
Я ніколи не використовував мінімальних балів, відмінних від нуля. Треба перевірити, як вони враховуються. Якщо студент не відповів на жодне питання і одержав мінімальний бал - 4, то може 4 бали - це 0%, а не 4/12=33.333% ? Щоб перевірити це можна в параметрах оцінки вказати виведення в балах і в дужках у відсотках.
А взагалі, я ще ні разу не бачив, щоб Moodle рахував неправильно. Якщо результат відмінний від необхідного, то завжди це була помилка того, хто задавав спосіб обчислень.