Aquí tienes la documentación oficial para la actualización de Moodle: https://docs.moodle.org/all/es/32/Actualización_de_moodle
Por otro lado, no entiendo a qué te refieres cuando dices que "no encuentro la forma".
Cada base de datos debe tener asociado su propia carpeta 'moodle' y 'moodledata'.
Es decir, si tienes en producción 'moodle1', 'moodledata1' y BD1 y quieres hacer la prueba de la actualización en otro entorno, deberás tener 'moodle2', 'moodledata2' y BD2.
Por cierto, la carpeta de datos y la base de datos van siempre juntas. Es decir, no vayas a mezclar una base de datos copiada en un momento dado con una carpeta de datos de otro momento ya que se pueden haber hecho cambios y esto produciría inconsistencias que, a la larga, traerán problemas.
Saludos
JP