Подивіться Адміністрування - Сервер - Системне оточення. Побачите, чи задовольняє воно потребам Moodle. Адміністрування - Сервер - Інформація про РНР також можна подивитися.
Непогано було б встановити цей плагін і виміряти ним швидкісні властивості вашого сервера . Може він якісь його недоліки виявить.