Nie ja dokonywałem zmian na serwerze ale z tego co mi wiadomo, problem wynikał z nietypowego formatu adresu url, które wykorzystuje Moodle. np: [...]/javascript.php/1343532542/lib/javascript-static.js który wygląda jak adres do pliku javascriptu natomiast powinien zostać obsłużony przez php.
Najprawdopodobniej były to specyficzne ustawienia serwera, po zmianie już nie ma problemów.