Hola,
También me pasa lo mismo (Moodle 3.4.1+). El cron se ejecuta correctamente y he purgado la caché de moodle y del navegador.
También borré la papelera del curso y he editando manualmente desde phpmyadmin, la tabla mdl_grade_items
Busqué los ítems de calificación que se mostraban como [Borrado en progreso] y simplemente los eliminé.
Pero sigue sin funcionar, ¿Alguien ha encontrado una solución?