Hallo Olaf
Interessante Beobachtung. Da ein Teil der Mails versendet werden, gehe ich davon aus, dass der SMTP server (Postfix) i.O. ist. Kannst du die Logs ansehen? Du musst feststellen, ob die fehlenden Mails, von Moodle an Postfix geliefert werden oder nicht. Es gibt auch https://docs.moodle.org/31/en/Debugging#Debug_email_sending, habe selber nie gebraucht.
Kannst sagen was genau du deaktiviert hast, bzw. wie die relevanten Parameter eingestellt sind. Sie haben kurze eindeutige Namen wie smtpmaxbulk, noreplyaddress, .. Oder meinst du Website-Administration> Plugins > Mitteilungsversand > Konfiguration?
moodle.org ist bekannt fuer waage Begriffe. Gerade zum Thema Mails und Messages siehe 'Is a forum post a "message"' https://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=339472.