Hola Ignacio.
Puedes ocultar el árbol de contenidos de dos formas. En los ajustes del SCORM vuelve a Apariencia y busca la opción Mostrar la estructura del curso en el reproductor y en el desplegable puedes seleccionar Oculto o Deshabilitado. Si seleccionas Oculto te aparece plegado y podrías volver a mostrarlo con el botón < que mencionabas. Si seleccionas Deshabilitado no te lo muestra ni tienes opción de volver a verlo.
Te recomiendo que tengas una instalación en local de tu Moodle y que pruebes en ella todas opciones de configuración y ajustes de las actividades y plugins que uses. Muchas de las necesidades que te surjan se pueden resolver activando o desactivando una casilla.
Un saludo.