小川原です。
PHPのアップグレードですが、Linuxサーバでrpmパッケージを使用されている方も多いと思います。が、できればソースファイルからのインストールをしておくことを推奨します。
ソースからのインストールはハードルが高いかも知れませんが、以下のサイトをさんこうにしてください。
http://www.atmarkit.co.jp/flinux/rensai/mysql05/mysql05a.html
また、以下のgoogle検索で自分にわかりやすいサイトを見つけていただくといいかと思います。
PHP ソースからのインストールで検索
但し、現在インストールされているrpmは削除する必要があります。
RedHat９ではPHP4.2.2が最新みたいです。
moodleという性質上、学内からのアクセスであれば早急に対処しなければならないということは無いと思います（学内からのクラッキングが無いと仮定して）ので、Apache＋MySQL＋PHPはできればソースからのインストールしたほうがいいと思います。
答えにはなっていないような気がしますがご了承ください。
小川原