Si j'ai bien compris ce que vous voulez faire (à savoir reprendre 1 à 1 la totalité de votre plateforme en 2.6), la méthode à utiliser est celle d'une mise à jour, et non l'installation d'une nouvelle plateforme.
Donc
- sur votre serveur de BDD, importer la base de données de votre Moodle 2.6, avec un nom différent de la BDD que vous avez créée pour votre nouvelle plateforme (cette dernière ne servira plus, de toute manière),
- dans votre installation de Moodle 3.0 actuelle, modifier le fichier config.php en y mettant le nom de la base de données que vous venez de créer (celle avec les données de la 2.6),
- lancer l'URL de votre plateforme pour faire la mise à jour.
C'est la procédure standard pour une mise à jour, voir la documentation ici.
La méthode proposée par Séverin ci-dessus va bien entendu aussi.