Si j'interprète bien...
La philosophie de Moodle en matière de rôles est que l'on peut avoir différents rôles suivant les contextes où l'on se trouve. En effet, on peut très bien avoir dans un cours le rôle d'enseignant et dans un autre cours celui d'étudiant, et tout cela sur la même plateforme. Donc on ne définit pas au niveau de la plateforme ce que va "être" un utilisateur.
Vous tentez sans doute d'attribuer le rôle d'étudiant ou d'enseignant à vos utilisateurs dans toute la plateforme (via "Attribution des rôles système"). C'est une mauvaise idée, car cela va avoir pour conséquence que tous les "étudiants" dans le contexte système seront étudiants dans tous les cours de la plateforme, et tous les "enseignants" dans le contexte système seront enseignants dans tous les cours, et ce n'est pas ce que vous voulez, vraisemblablement.
Vous devez en fait attribuer les rôles là où ils ont du sens, à savoir dans chaque cours, désigner les étudiants de ce cours, resp. le/les enseignants de cours.
Voyez la documentation ici : Attribution des rôles (pas encore complète en français). Ici en anglais Assign_roles.