Ciao Salvatore e benvenuto nella comunità di Moodle.
Per quanto riguarda l'iscrizione di utenti ai corsi, se autentichi via LDAP sicuramente la cosa più diretta è anche iscrivere gli utenti ai corsi via LDAP: http://docs.moodle.org/27/en/LDAP_enrolment
Autenticazione ed iscrizione ai corsi tuttavia sono momenti separati tra loro, quindi nella misura in cui nel database esterno sia i corsi sia gli utenti da iscrivere ai corsi siano identificabili correttamente (nel caso degli utenti deve corrispondere il "Local user field - enrol_database | localuserfield" con il "Remote user field - enrol_database | remoteuserfield"), la cosa dovrebbe funzionare.
Nella documentazione trovi la descrizione dettgaliata sul funzionamento del plugin di iscrizione "Database esterno" utile per organizzare i dati nelle tabella delle iscrizioni ai corsi presente nel tuo database esterno: http://docs.moodle.org/27/en/External_database_enrolment