Ciao Antonella,
per ragioni di sicurezza mai e poi mai i file registrati nella "moodledata" ($CFG->dataroot) verrano esposti direttamente ma sono sempre acceduti attraverso un helper, qui file.php.
Ora il problema sembra essere la configurazione PHP del server che ospita la tua istanza, configurazione che sembra di tipo CGI e molto probabilmente senza che la direttiva PATH_INFO sia correttamente supportata.
Puoi verificarlo usando il Moodle Health Center che si trova in http//hostname/path/to/moodle/admin/health.php: ti darà un report delle eventuali problematiche della tua attuale configurazione.
Per correggere la configurazione, occorre sapere quale sia il tuo provider: per esempio nel caso di GoDaddy eccoti la FAQ dalla documentazione Moodle: http://docs.moodle.org/19/en/SCORM_FAQ#SCORM_doesn.27t_work_on_Godaddy_Host, altrimenti dovrebbe bastare questo: http://docs.moodle.org/19/en/Installation_FAQ#Uploaded_files_give_.22File_not_found.22.
In ogni caso, se non userai package SCORM puoi disabilitare gli "slash arguments" direttamente, come amministratore, in Administration > Server > HTTP > Use Slash Arguments (http://docs.moodle.org/19/en/HTTP#Use_slash_arguments) e trascurare la problematica del corretto supporto di PATH_INFO: molte delle componenti di Moodle dovrebbero funzionare anche con questa configurazione, detta file arguments.
HTH,
Matteo