Hola Diego,
Entiendo que el libro de calificaciones está asociado a los cursos y no a la plataforma en su conjunto.
Por esta razón, no existe la posibilidad que planteas.
Yo pienso que lo mejor sería elaborar algunos reportes a partir de la información de la propia base de datos, pero más bien por fuera de la plataforma.
No sé qué tamaño tenga tu base, pero si son muchas cuentas y cursos, quizá la generación de los reportes alente el sistema.
Entonces, yo haría un backup, quizá semanal o algo así, y en éste correría los "queries" respectivos, ya sea con una herramienta de escritorio (puede ser una hoja de cálculo o algo más especializado como Squirrel SQL), o con una interfase Web (Ej. programada en PHP).
Si trabajas de esta manera, mi impresión es que sería irrelevante si la información se agrupa de tal o cual manera.
Esa sería una decisión muy operativa que, obviamente, supone un buen conocimiento de la base de datos para saber cómo vincular usuarios, roles, cursos, calificaciones, actividades calificadas y otras cuestiones de tu interés.
Digamos que esta es la parte clave de todo y deberás indagar todo de forma totalmente autodidacta.
No obstante, hay bastante información que puede ayudarte:
Aquí y aquí unas compilaciones de queries útiles.
Por otra parte, si deseas crear o usar un plugin, quizá te convenga revisar este y este.
Me parece que el primero no ha sido muy popular y, por lo mismo no ha sido muy actualizado. Yo lo usé un tiempo para hacer pruebas y aquí coloqué un minitutorial ya obsoleto sobre el mismo. Igual y te sirve.
El segundo ha sido muy popular (de hecho está basado en el primero) y creo que es la mejor opción si deseas trabajar todo desde dentro de Moodle.
Saludos