<PRE>タグは確かにソースコードを記述する際に重要な機能ですね．私もMoodleのパッチを管理するのに使用しますので，考えてみたらこの点をまず確認しなければいけなかったですね．HTMLエディタでうまく半角スペースが入るか，どうか（自動的に，ではないですが）．
いま古いeWikiをMoodle2の標準のWikiに変換したページを見てみたのですが，ソースリストを記述した部分は，元と同じく<p> </p>で括られ，内部の半角スペースはきちんと表示されており，改行は<br />でした．見た目も半角によるインデントがまぁまぁ見れる感じですね．等幅フォントが使われるかどうかはブラウザ次第かも知れませんが．
あとアップロードしたファイル（添付ファイル）がページごと，というのは，確かに＜ファイル＞タブはあるものの，活動内のファイルがすべて表示されますね．うーん，以前は確かにページ単位でした．これは違いますね．