Hola Federico.
Yo también lo he probado (aunque mi servidor es Ubuntu) y lo sube perfectamente. En cualquier caso, supongo que lo habrás revisado, pero si no, fíjate que, cuando seleccionas el archivo, antes de pulsar en "subir usuarios", que tengas seleccionado como delimitador csv el carácter punto y coma ";", y en la codificación "UTF-8", que son los parámetros con los que yo lo he conseguido subir.
Suerte.
Un saludo.