Si l'usage de Moodle est centré sur l'enseignant (ou sur la discipline) la multiplication des cours n'est pas vraiment satisfaisante pour l'enseignant qui intervient dans différentes classes et finit pas s'y perdre. Un seul cours par enseignant avec des groupes séparés (par classe, par niveau) et des groupements me paraît alors la meilleure solution.
Evidemment les élèves risquent d'être confontés à la multiplication des cours par discipline...
Si l'usage est centré sur la classe, un cours par classe est assurément nécessaire avec plusieurs intervenant enseignants (de disciplines différentes) dans le cours.
Les enseignants qui intervinnent dans différents classes peuvent alors désirer disposer d'un meta cours disciplinaire où placer leurs documents communs. Ce meta cours héritera des différents cours des classes où ils interviennent. On pourra y mettre en place une structuration par gropes et groupements
Quelle que soit la solution retenue, les élèves devront probablement jongler entre différents cours. Mais il faut dire qu'ils ont en général l'esprit plus souple que leurs enseignants ;)