hola Sol
generalmente cuando hay prolbema al hacer backups, casi siempre el problema puede deberse a 2 causas puntuales.
a) los permisos de los de los directorios en el servidor
b) problemas en la configuracion de php.ini en la memoria asignada para ejecucion de scripts y tiempo permitido para usar un script....
al respecto que dices que no aparecen los backups.... la idea de un backup es eso... una copia ante una emergencia la cual debe estar minimo quemada en algun dvd o disco duro externo..... si tuvieron que restarurar el servidor (instalar linux, apache, mysql, firewall, etc etc .. eso es restaurar un servidor) en definitiva no van aparecer los backups que tenian anteriormente.
jc