津森と申します．
最近同種の質問をしたものですが，なぜかトピックが消えてしまっているようなので，再ポストさせて頂きます．
現在，Moodle2.0.3を使っていますが，2.1はおろか2.0.4や2.0.3+(最新版)にもアップグレードできなくなってしまいました．
アップグレードを開始すると，
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Moodleデータベースをバージョン 2.0.3+ (Build: 20110616) (2011033003.06) より 2.0.4 (Build: 20110801) (2011033004) へアップグレードしています ...
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の表示で止まり，何時間待っても先に進む気配を見せません．topで見る限りCPUはほとんどidleの状態で，HDDへのアクセスもほとんどありませんので，実際にはアップグレードのプログラムは全然動いていないかと思います．
MySQLを使っており，tableが壊れたのかとも思いましたが，少なくとも現行の2.0.3+では問題なく動作しております．
同種の経験をされ解決された方，また思い当たることがある方がいらっしゃいましたら，ご教示を頂ければ嬉しいです．
宜しくお願い致します．