>> получается, что БД постепенно засоряется ненужными записями и в moodledata хранятся ненужные файлы с результатами выполнения заданий.
Александр, позволю себе заметить, что это скорее достоинство, а не недостаток системы. Одну причину Вы сами указали: "при зачислении потом учащегося обратно на курс результаты его обучения будут доступны"
Это не такая уж и редкость - восстановление студента в уч. заведении, и не нужна потом ПЕРЕсдача дисциплин: записали в нужные курсы, подняли результаты, назначили досдачи или попросту перезачли, и пошел учиться дальше.
Второе - это своеобразный архив (вдобавок к бумажному) отметок учащегося. В любой момент можно запросом вывести результаты его обучения и сделать выписку.
Поэтому я это все пока храню, база небольшая. Но она и не будет особо огромной по сравнению с moodledata.
А ненужные файлы можно перенести на хранение в другое место (лок. комп.), к примеру, с соблюдением структуры каталогов.