De la manera que recomienda Iñaki es las mejor en mi punto de vista, solo para agregar algo mas de informacion, te recomiendo que la configuracion de grupos separados lo hagas desde el panel de administracion del curso, asi de esta manera todas las actividades que hayas creado en el curso se veran obligadas a separar los grupos, en ves de que tengas que cambiar de una por una.
Un dato mas es que puedes tambien asignar estudiantes a actividades separadas y anular el permiso de los estudiantes a acceder a otros grupos, de esta manera puedes configurar que dentro del curso solamente un grupo puede ver una actividad en especial.
Saludos y espero que te sirva