Yo te recomendaria que no lo hagas, ya que puedes tener problemas a la hora de que todos los usuarios de las instituciones entren a tu plataforma, a menos de que tengas un buen servdor con una buena tasa de transferencia.
Otro punto a tomar en consideración es que se armara un caos con los usuarios y los permisos que debes asignar a cada institucion.
Separar las instituciones podria ayudarte a tener un mejor control en cada una, y ademas puedes importar y exportar cursos de otros moodle en tus otras plataformas moodle de tus instituciones.
Saludos y espero que te sirva