hola,
os comento la solución que he tomado para resolver esto (usando moodle 1.9).
en mi caso damos a los alumnos 30 días para hacer un curso, pero si lo desmatriculamos perdíamos la opción de consultar su calificación.
así, lo que he hecho es crear un rol nuevo (estudiante desmatriculado) basado en estudiante con la diferencia de que quitamos el permiso de "ver cursos" (moodle/course:view). de esta forma, cuando queremos desmatricularlo le asignamos este nuevo rol para el curso en cuestión.
de esta forma el usuario no ve el curso, pero para el administrador sigue apareciendo tanto en la lista de participantes como en la de calificaciones.
las dos pegas que tiene esta solución son que es un proceso manual, y que en su perfil no aparece el curso en que es "estudiante desmatriculado".