当方で試したわけではないですが、GIFTフォーマットだとフィードバックが書けるのかもしれません。
http://docs.moodle.org/ja/GIFTフォーマット
エクスポートの書式としてもインポートの書式としても選べるようなので、一度、数件の問題を作り、エクスポートしてみて、それにならって作成してみる...というのはどうでしょう。
あとは、Moodle XMLフォーマット...というのもあるようなので、これだとたぶん大変でしょうが、完全にフィードバックなどをサポートしているのかもしれません。