Hola Isabel,
Yo creo que tu cron está funcionando a la perfección.
Más bien me da la impresión de que el problema se da porque requieres
configurar el índice de tu búsqueda global, o bien alguna cuestión relacionada
con este módulo.
Al respecto, te recomiendo seguir las instrucciones incluidas
en la Documentación Oficial de Moodle:
http://docs.moodle.org/en/Global_Search_block(revisa el video que se incluye en la parte inferior)
Asimismo, no te olvides de confirmar que las rutas de los programas
"antiword" y "pdftotext" son las correctas (si estás en un hosting,
solicita esta información a tu proveedor; lo más probable es que Moodle
las detecte, pero no está de más hacer esta confirmación).
Finalmente, recuerda que el asunto de la búsqueda global es aún
experimental, osea que si no te funciona, quizá lo mejor sea deshabilitarla
(opción predefinida de Moodle).
A ver si nos platicas qué resultados obtuviste.
Saludos