Ciao, non so se interpreto bene il "ho posizionato la cartella moodle all'interno di joomla"
Li puoi installare sullo stesso server, e eventualmente (se hai problemi di numero di database creati) anche sullo stesso database ma NON nella stessa cartella.
Come scritto sopra personalmente installerei joomla sulla root (www.pincopallo.it) e moodle in una sottodirectory esempio www.pincopallo.it/moodle.