Se hai solo uno spazio web (quindi un solo indirizzo del tipo www.sitolorella.it) la cosa più semplice da fare è installare joomla sulla root (lo userai come portale) e, in una cartella del tipo www.sitolorella.i/fad piazzi moodle. Metti poi un link a joomla per fare passare i tuoi visitatori dal "portale" (che riempirai di notizie, articoli, foto ecc.) a moodle, dove faranno il log-in se iscritti a qualche corso. Questo riesci a farlo funzionare con pochi minuti di lavoro.
Se invece vuoi fare passare in automatico gli utenti iscritti su joomla a quelli di moodle la cosa è più complicata; si può fare (trovi notizie ricorrenti su questo forum), ma prima di tutto devi chiederti ... mi serve ? Personalmente, dopo lunghe riflessioni, l'ho bollato con il timbo "bello ma complicato" e ho seguito il percorso che ti ho suggerito.
Ps: il tuo provider di servizi web deve darti la possibilità di aprire due database!
Saluti