O seu servidor é Windows, suponho. Porque não instala o apache e o mysql como um serviço? Assim tem de lançar manualmente essas duas aplicações sempre que reinicia o servidor. Veja (ou corra):
moodle/apache/apache_installservice.bat
moodle/mysql/mysql_installservice.bat
Depois disto pode parar/correr os serviços em:
Start / Control Panel / Administrative Tools / Services