Hola Edgar.
No estoy seguro de entender bien tu pregunta porque en el título del mensaje hablas de "cuestionarios", y luego te refieres a las "encuestas". Son dos actividades diferentes dentro de Moodle, y su funcionamiento es bien distinto.
Por el resto del mensaje, supongo que en realidad quieres saber si se pueden modificar las encuestas predeterminadas (ATTLS, Incidentes críticos, COLLES). En ese caso, me temo que no es posible.
Ahora bien, en las últimas versiones de Moodle (¿cual estás utilizando tú?) se ha incorporado de forma estandar un módulo llamado "Base de datos" que te permitiría crearte tus propios formularios de preguntas, escalas de valoración, diseño o aspecto visual, etc. Es sumamente flexible, aunque por eso mismo, pueda parecer algo complejo al principio.
Saludos.
J.L.