Er is een verschil tussen het klikken op een icoontje en het openen van een resource in een popup.
De eerste is een gewone link die opent in een nieuw venster. Jouw klik zorgt ervoor dat het venster geopend wordt en dat vinden pop-up blokkers prima.
Bij de tweede roep je in feite Moodle pagina aan, die kijkt hoe jij het wilt bekijken (zelfde pagina, wel/geen frame, pop-up) en voert dat vervolgens uit. Hier is het dus het script dat een nieuw venster wil openen en dat is precies wat pop-up blokker niet OK vinden.
Ik denk dus dat wat Wijnand schrijft klopt: ga eens kijken in je instellingen van IE.