Esatto.
Esegui il backup di tutti i corsi compreso il corso principale (quello della "home-page" del sito).
Le impostazioni di default del backup dovrbbero andare bene,
Per il restore parti dal corso principale e scegli di sovrascrivere il corso principale (e unico, se hai appena installato Moodle) esistente sul server.
Per gli altri Corsi scegli di aggiungere il nuovo corso.
Dovrebe ricostruirti tutto regolarmente.