Holaaaa Mayte 
Bueno con respecto a los javascripts no tengo mucha experiencia, pero creo que te refieres a cuando editas una pagina html en el editor de texto, efectivamente desaparece muchas cosas, en lugar de hacerlo hay puedes hacerlo directamente en los temas por ejemplo en el header, te dire donde encontrar los archivos de los temas:
Metete en donde tengas instalado moodle en tu servidor o local, por defecto casi siempre es la carpeta moodle, hay vas a encontrar una carpeta que se llama theme adentro encontraras mas carpetas cada una corresponde a uno de los temas que por default tiene moodle, (aqui deberas poner los nuevos temas que tu hagas o que bajes de internet y automaticamente estaran disponibles en tu moodle) ya adentro de la carpeta de algun tema ayaras tres archivos html, uno dice header puedes intentar poner hay tus java scripts, intenta esto, aun que estoy seguro que debiera haber alguna otra solucion ya que esto no lo e intentado nunca.
Con respecto a las rutas relativas estoy seguro que si es posible solo asegurate de ponerla correcatamente.
Con respecto a lo del icono de info a mi me aparecio por defecto, quiza tengas que agregar algo de info en el resumen cuando configuras tu curso.
Espero no haberte enrredado mas.
Saludos