Hola.
Por mi experiencia, en cuanto a las características de usuario o modo de funcionamiento, no hay ninguna diferencia entre usuarios que tengan definido método de autenticación "Identificación basada en Email" y los que tengan "Cuentas manuales". Hasta donde yo conozco, la única diferencia vendría por la forma en que se crearon unos usuarios u otros.
Cuando en una plataforma se tiene habilitado el auto-registro de usuarios, lo normal es que se tenga que tener habilitada la "Identificación basada en Email" porque así es como los propios usuarios confirmarán su alta. En esos usuarios, quedaría guardado en su perfil ese tipo de autenticación.
Por el contrario, cuando se trata de usuarios que han sido datos de alta por un administrador, en su perfil queda guardado lo de "Cuenta manual".
Pero después de ese alta, tanto unos usuarios como otros se comportan igual. En ambos casos pueden recuperar contraseña del mismo modo, pueden modificar los datos de su perfil que estén habilitados para modificarse, se matriculan igualmente en los cursos, etc. Es decir, hemos mezclado hasta cinco tipos de autenticación, sin problema ninguno.
Y respecto a tu última pregunta, sí, en una plataforma se pueden tener activos simultáneamente varios métodos de autenticación. En mi institución, por ejemplo, hemos llegado a tener activos usuarios que se han auto-registrado (Identificación basada en Email), con usuarios datos de alta de forma individual o masiva (ambos Cuentas manuales), otra parte de los usuarios se identificaban con su usuario de Active Directory (Usar un servidor LDAP) y por último, usuarios que procedían de una aplicación externa de gestión académica (Base de datos externa).
Lo único que has de tener en cuenta es que solo se puede tener activa una instancia de cada uno de los tipos de identificación, así que no se podrían tener usuarios que procedieran de DOS bases de datos diferentes. Y por otra parte, no se pueden repetir nombres de usuario (username) aunque usen diferentes modos de autenticación; esto último es importante tenerlo en cuenta.
Saludos