En la misma carpeta Theme que estés utilizando, verás que existen dos archivos de tipo .html; uno es el que sirve para construir la parte superior de la página (header.html), y otro para lo que sería el "pie de página" (archivo footer.html).
En el primero de ellos (header.html) es donde encontrarás la referencia a la imagen que te sirve de logo, y donde se indica el nombre del archivo gráfico, el ancho y alto, etc. Tendría que ser ahí donde hicieras todas las modificaciones necesarias.
Si no tienes muchos conocimientos de HTML y PHP, tal vez te resulte un poco incomprensible, pero no es necesario "entenderlo" todo. Basta con que busques la referencia al logo y posiblemente ahí pondrá "height=..."; deberías cambiar esta altura a la del nuevo logo.
Por si acaso, te recomiendo que primero hagas una copia de" header.html", que te serviría para volver atrás si algo no funciona.
Saludos.