Hola.
Supongo que este error es debido a que en algún momento se ha intentado actualizar y se ha descomprimido la nueva versión sobre la antigua en lugar de reemplazarla por la nueva (a excepción del archivo 'config.php).
Creo que la solución pasaría por renombrar la carpeta "moodle" por "moodle-antigua", por ejemplo, y descomprimir en su lugar la carpeta "moodle" de la nueva versión.
Solo habrá que copiar previamente el archivo de configuración 'config.php' y volverlo a colocar en la carpeta "moodle" de la nueva versión.
Supongo que este error es debido a que en algún momento se ha intentado actualizar y se ha descomprimido la nueva versión sobre la antigua en lugar de reemplazarla por la nueva (a excepción del archivo 'config.php).
Creo que la solución pasaría por renombrar la carpeta "moodle" por "moodle-antigua", por ejemplo, y descomprimir en su lugar la carpeta "moodle" de la nueva versión.
Solo habrá que copiar previamente el archivo de configuración 'config.php' y volverlo a colocar en la carpeta "moodle" de la nueva versión.
Posteriormente, después de comprobar que todo funciona correctamente, se podría borrar la carpeta "moodle-antigua" para liberar espacio en el servidor.
Te recomiendo leas esta documentación oficial antes de modificar nada. Te puede ser de mucha utilidad: https://docs.moodle.org/all/es/Actualización_de_moodle
Un saludo.
JP