No, è corretto, in quanto il tu git pull (come ti ho risposto sul forum inglese) si occupa esclusivamente di Moodle, non dei suoi plugin che tu puoi avere installato.
Se hai lasciato aperta la scrittura al webserver della moodle directory, allora direttamente da moodle puoi fare l'aggiornamento, altrimenti dei aggiornare ciascun plugin aggiuntivo che hai installato sulla base di come l'hai installato (es. se hai decompresso lo zip dovrai riscaricarlo e ricopiare sopra, se invece anche il plugin è installato dalla sorgente github del plugin, allora git pull dentro al plugin)