> メール本文をローカルカスタマイゼーションする場合はマークダウン方式で書くのが正解なのでしょうか。
はい、そう思います。
例えば、以下のように明確にHTML (newquestionhtml) およびプレインテキスト (newquestiontext) のメッセージ本文がそれぞれ準備されている以外、メール本文はマークダウン方式で記述頂いた方が宜しいかと思います。
$string['newquestionhtml'] = '新しい質問が {$a->answeruser} さんによって追加されました。コンテンツは以下のとおりです: <br /> <br />「 {$a->content} 」<br /><br />
質問は<a href="{$a->urltoanswer}">ここ</a>で閲覧できます。';
$string['newquestiontext'] = '新しい質問が {$a->answeruser} さんによって追加されました。コンテンツは以下のとおりです:
「 {$a->content} 」
質問は次で閲覧できます: {$a->urltoanswer}';