Oi Ivan, por dentro do Moodle não existe essa função de rodar automaticamente. Mas no servidor no qual meu Moodle está hospedado tem as Cron jobs (tarefas agendadas, ou algo assim) na qual eu consigo programar algumas linhas de comando para rodarem automaticamente com uma certa frequência. Então, eu ponho o Cron para rodar automaticamente a cada 30 minutos.
Quanto ao problema de notas, ainda estou pensando em como te ajudar. Mais uma hipótese: sempre que tem alguma questão aberta e que precisa de correção manual a nota não aparece na lista final de notas. Será que para alguns usuários caem questões abertas (ou esse não é o seu caso?)
Outra hipótese: Já tentou logar como professor ? Não é mudar o papel para professor, é ter um usuário teste e dar a ele o papel de professor e ver se ele consegue enxergar as notas. Às vezes (é estranho) mas para papéis diferentes o Moodle usa tabelas diferentes para mostrar alguma coisa.
