Hace más de un año (febrero 2020) pregunté si alguien sabia como eliminar los registros de la tabla de mensajes, para no tener que borrar de uno en uno. Hoy que estaba revisando veo que por ahí alguien también ha tenido el problema y otro usuario posteo una sugerencia. Cómo el hilo está cerrado no puedo colocar la solución, así que la comparto para Sandy Noe y de Fernando Araoz, agradeciendo la sugerencia de de Jose Luis Martin Jimenez.
Lo que hice fue encontrar la tabla que almacena los mensajes `mdl_messages` y ejecutar un comando SQL
DELETE FROM `mdl_messages`
con esto se borró todos los mensajes y este semestre puedo comenzar con todos mis cursos listos y libre de mensajes antiguos. Espero que alguien más le ayude si está en el mismo tema.
Saludos cordiales y Gracias a la comunidad, aunque tarda, pero no olvida