Вобщем в этом случае можно попробовать 2 варианта:
1. Полный бэкап средствами moodle, полностью удаляем moodle, полностью ставим в новое место и восстановливаем средствами moodle.
2. Пермещаем папку moodle на новое место, правим config.php, а потом пользуемся следующим средством для поиска и замены по всей базе данных, конвертируя соответственно абсолютные ссылки (http://yoursite/admin/replace.php, взято из http://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=32697#153384). Если все сделать грамотно, то проблем не должно быть...
В любом случае перед выполнением подобных действий всегда луше сделать дамп базы данных, ручками куда-нить сбэкапировать config.php и уж на всякий пожарный dataroot (зато можно будет потом провести полное восстановление